rapport sur le coronavirus, 18 juillet 2022

CHIFFRES COVID. La 7ème vague de Covid-19 est désormais en recul en France avec une moyenne qui est passée bien en dessous de 100 000 cas par jour. Mais avec plus de 20 500 hospitalisés, 1 270 personnes en réanimation et plus de 170 décès lundi 18 juillet, ses effets se font encore sentir…

Le dernier bilan du coronavirus en France, en date du 18 juillet 2022, fait état 17 733 cas en 24h, soit 6610 cas de moins que lundi dernier. La moyenne sur 7 jours passe à 95 339 cas recensés quotidiennement contre 96 283 hier et le taux d’incidence à 1017,72 cas pour 100 000 habitants en France actuellement (1021,08 hier). Le nombre de décès enregistrés en 24 heures à l’hôpital est 174 morts (hors Ehpad), soit 157 de plus qu’hier et 66 de plus que lundi dernier.

Dans les hôpitaux, il existe actuellement 20 530 patients hospitalisés avec Covid-19, en hausse de 393 par rapport à hier, tandis que 1271 personnes sont en soins intensifs, soit 46 de plus. Au cours des dernières 24 heures, 2018 patients ont été admis à l’hôpital, soit 1 742 de plus que la veille et 223 de plus par rapport à lundi dernier. 195 admissions en réanimation ont été enregistrées, soit 177 de plus qu’hier et 19 de plus que lundi dernier.

Voici les dernières données officielles disponibles sur le Covid-19 en France selon les bilans quotidiens de Santé publique France, son site de données Geodes et Data.gouv, basés sur les données des tests SI-DEP, les données hospitalières et les retours d’expérience. les établissements médico-sociaux, dont les Ehpad. De nombreuses précisions sont nécessaires pour bien comprendre ces chiffres. Ils sont détaillés sous le tableau :

PRÉCISION : depuis le 8 juin 2022, Santé Publique France et Data.gouv ne fournissent plus de mise à jour des données les week-ends et jours fériés. Par ailleurs, depuis le 16 janvier 2022, la publication officielle du nombre total de cas confirmés depuis le début de l’épidémie (cumul total) est suspendue »en du fait d’un allongement de la période de consolidation des données », précise Data.gouv. Le premier chiffre affiché ci-dessus n’est donc pas un chiffre officiel, mais provient d’une accumulation réalisée par nos soins à partir de données non consolidées publiées quotidiennement via le SI- Base de données DEP Les réinfections sont comptées comme de nouveaux cas.

Voici le nombre de cas de Covid-19, de décès, d’hospitalisations, de réanimations et de guérisons constatés en plus ou moins par rapport au bilan précédent (généralement la veille). Dernières données disponibles en France selon les bilans quotidiens de Santé publique France et Data.gouv :

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A partir des données quotidiennes sur le coronavirus en France, nous avons élaboré plusieurs courbes qui permettent d’observer l’évolution du virus en fonction du nombre de cas confirmés, du nombre d’hospitalisations et de patients en réanimation, du nombre de décès à l’hôpital et le total des décès et le nombre de retours à domicile, assimilés à des guérisons.

Pour le premier graphique, la courbe représente la moyenne des cas enregistrés quotidiennement sur 7 jours tandis que les barres représentent le nombre de cas enregistrés dans le dernier rapport quotidien. Pour les autres graphiques, la courbe représente le total (ex : total des hospitalisations en cours) tandis que les barres correspondent aux évolutions quotidiennes (soldes d’hospitalisations chaque jour, nouveaux décès…).

Détails sur le nombre de cas : Santé publique France précise que « les données peuvent être très variables selon les activités de dépistage (réduction des activités le week-end par exemple, baisse mécanique du nombre de cas le lundi) et les délais de communication des résultats » (généralement 24 à 48 heures). Plusieurs changements dans la méthode d’enregistrement des tests positifs peuvent également avoir perturbé la comptabilisation des cas :

• Le gouvernement et Santé publique France ont changé leur méthode de collecte des données sur les résultats des tests mi-mai 2020, avec le projet SI-DEP. Les chiffres enregistrés avant et après le 13 mai 2020 ne sont donc pas tout à fait comparables. Tant la quantité que la nature des tests effectués ont beaucoup évolué. De quelques milliers de tests au tout début de l’épidémie, la France est passée à plus d’1 million de tests chaque semaine puis à 2 millions début novembre 2020, impactant forcément les chiffres. De plus, au plus fort de la première vague, en mars/avril 2020, les tests concernaient principalement les personnes gravement malades, généralement admises à l’hôpital, écartant tous les patients ne présentant pas ou peu de symptômes. Le nombre réel de cas de Covid-19 en France était donc assez nettement supérieur au nombre estimé de cas confirmés durant cette période.
• Depuis la mi-novembre 2020, le nombre de tests positifs comprend, en plus des tests PCR, les résultats des tests antigéniques.
• Un double rectificatif a été effectué par Santé publique France le 20 mai 2021. Alors qu’il y avait eu plus de 5,9 millions de cas en France depuis le début de l’épidémie, ce chiffre a été révisé à près de 5,57 millions, soit 348 846 cas de moins. Une correction très visible sur la courbe ci-dessus. les autres Des « incidents » sur les flux de données ont été signalés à plusieurs reprises par Santé publique France.

Détails sur les hospitalisations : il faut distinguer ici l’évolution du nombre total de patients hospitalisés à un instant T et les nouvelles hospitalisations, c’est-à-dire les nouvelles admissions chaque jour à l’hôpital (brutes). Dans un cas, il s’agit d’un bilan, qui tient compte des admissions, mais aussi des sorties de l’hôpital (guérisons ou décès). Dans l’autre, on ne parle que des nouvelles admissions à l’hôpital ou en réanimation avec le Covid sur une journée.

Les données d’hospitalisation prennent également en compte les patients admis à l’hôpital « avec » le Covid-19 et non « pour » le Covid-19. Ils peuvent donc prendre en compte les patients hospitalisés pour un autre motif. Parmi l’ensemble des malades du Covid-19, la proportion de patients admis à l’hôpital pour une autre raison que le Covid-19 (mais porteurs du SRAS-CoV-2) pourrait avoir atteint jusqu’à un tiers des patients selon les données détaillées de Santé publique France. est disponible depuis fin janvier 2022.

Précision sur le nombre de décès : depuis mai 2020, Santé publique France ne met plus à jour quotidiennement le bilan en Ehpad. Ce rapport a été mis à jour toutes les semaines à la fin de l’été, puis plusieurs fois par semaine pour finalement se stabiliser au rythme d’une à deux fois par semaine. Nous avons donc préféré dans un premier temps gommer le nombre de décès quotidiens en EHPAD pour ne pas biaiser les graphiques. A la demande de plusieurs lecteurs, depuis le 13 novembre 2020, nous affichons à nouveau des mises à jour des décès en EHPAD (barres gris foncé) ce qui provoque des pics artificiels lors des mises à jour. Des erreurs et corrections de données ont également été signalées à plusieurs reprises par Santé publique France depuis la mi-mars 2020 mais également constatées fin 2021, entraînant parfois des surestimations généralement suivies d’évolutions négatives du nombre de décès.

Le ministère de la Santé calcule, à partir des données brutes, une série de statistiques sur la progression du Covid-19 dans le pays. Quatre indicateurs particulièrement importants sont présentés ci-dessous : le taux de positivité des tests RT-PCR, le taux d’incidence, le nombre effectif de reproduction et le taux d’occupation des lits de réanimation. Si le premier et le dernier sont aisément compréhensibles (pourcentage de tests positifs sur le nombre total de tests effectués et pourcentage de lits de réanimation occupés selon les capacités initiales du pays), les deux autres méritent une définition.

Le taux d’incidence, représenté par la deuxième courbe, est considéré comme un indicateur clé de la virulence du virus. C’est le nombre de nouveaux cas de coronavirus diagnostiqués par test PCR qui se sont produits au cours des 7 derniers jours. Ce chiffre est rapporté au nombre d’habitants, c’est-à-dire un taux exprimé pour 100 000 habitants.

Le numéro de reproduction (R) correspond au nombre moyen de personnes infectées par un malade. Si ce chiffre est supérieur à 1, cela signifie qu’une personne atteinte du Covid-19 contamine plus d’une autre personne en moyenne et donc que la maladie progresse.

Si vous ne voyez pas l’infographie, cliquez ici

Précision sur le taux de positivité et le taux d’incidence : Santé publique France a changé sa méthode de calcul de ses principaux indicateurs que sont le taux d’incidence et le taux de positivité des tests le 8 décembre 2020. L’ajout des tests antigéniques dans le premier indicateur a alors mécaniquement gonflé le résultat du calcul. . Le taux de positivité a chuté drastiquement. La raison cette fois vient du comptage des tests négatifs : si une même personne a effectué plusieurs tests en 60 jours et que ceux-ci sont négatifs, chacun d’eux est désormais comptabilisé. Auparavant, si une personne était testée négative plusieurs fois de suite dans les 60 jours, seul le premier test était comptabilisé. Ce n’est qu’en cas de test positif que sa situation a changé.

Santé publique France a expliqué dans un communiqué que cette nouvelle méthode de calcul s’avérait plus précise car elle prend en compte la « prévalence du virus dans la population testée ». « Aujourd’hui, alors que l’épidémie se poursuit, il est fréquent qu’une même personne réalise plusieurs tests, surtout lorsque les précédents étaient négatifs. De plus, les connaissances ont évolué et le risque de réinfection, aujourd’hui considéré comme très faible mais possible après 60 jours, doit pouvoir être identifié », écrivait à l’époque l’agence sanitaire.